Selv om fabrikkoppdrett involverer mange grusomme praksiser, det er ikke bare de praksisene som er kritikkverdige. Selve bruken av dyr og animalske produkter til mat er antitetisk for dyrs rettigheter.
Fabrikkoppdrett er den moderne praksisen med å oppdra dyr til mat i ekstrem innesperring, for å maksimere fortjenesten. I tillegg til intens innesperring inkluderer overgrep vanligvis forbundet med fabrikkoppdrett massive doser av hormoner og antibiotika, batteribur, avlesing, haledokking, svangerskapskasser og kalvekjøttkasser. Dyrene tilbringer hele livet under disse elendige forhold til de blir slaktet. Deres lidelse er utenkelig.
Fabrikkbøndene prøver ikke å være grusomme. De prøver å maksimere fortjenesten, uten hensyn til dyrenes lidelser.
Fabrikkgårder bryr seg ikke om enkeltdyr. Noen dyr vil dø som et resultat av avlusing, haledokking, sykdom og intensiv innesperring, men operasjonen er fremdeles samlet lønnsom.
Hormoner får dyrene til å vokse raskere, produsere mer melk og produsere flere egg, noe som fører til høyere fortjeneste. Stort antall dyr som lever i intens innesperring gjør at sykdommen kan spre seg som en brann. Dyr slåss og lider av kutt og skrubbsår fra merdene sine, så alle dyrene blir behandlet med antibiotika for å minimere tap av infeksjoner og spredning av sykdommer. Også små, daglige doser av visse antibiotika gir vektøkning. Dette betyr at dyrene er overmedisinerte, noe som får bakterier til å bli resistente mot antibiotika. Både antibiotika og resistente bakterier når forbrukeren i kjøttet.
Når de er innesperret intenst, kjemper både mennesker og ikke-menneskelige dyr mer enn vanlig. Å avlaste en kylling innebærer å kutte fuglens nebb, uten bedøvelse. Kyllingenes nebber settes en etter en i en maskin som ser ut som en giljotin som hugger den fremre delen av nebbene av. Prosedyren er så smertefull, at noen kyllinger slutter å spise og dør av sult. Griser har halene sine forankret eller kuttet for å forhindre at grisene biter hverandres haler. Halen er en forlengelse av dyrets ryggrad, men haledokking gjøres uten bedøvelse. Begge praksis er veldig smertefulle og grusomme.
Eggleggingshøner blir overfylt i batteriburder for å maksimere fortjenesten, og lever hele livet uten å kunne spre vingene. Batterivarer måler vanligvis 18 x 20 tommer, med fem til elleve fugler overfylt i et enkelt bur. En enkelt fugl har et vingespenn på 32 tommer. Merdene er stablet i rader oppå hverandre slik at hundretusener av fugler kan huse i en enkelt bygning. Trådgulvene er skrått slik at eggene ruller ut av merdene. Fordi fôring og vanning noen ganger er automatisert, er menneskelig tilsyn og kontakt minimal. Fugler faller ut av merdene, setter seg fast mellom merdene, eller får hodet eller lemmene sittende fast mellom stolpene i merdene deres, og dør fordi de ikke får tilgang til mat og vann.
En hekke purke tilbringer hele livet sitt innesperret i en kasse laget av stålstenger der hun ikke kan snu eller strekke lemmene når hun legger seg. Gulvet i kassen er spaltet, men hun ender likevel med å stå og sitte i henne og smågrisenes egen skitt. Hun har søppel etter kull med babygriser til hun blir ansett som brukt, og deretter sendt ut til slakt. Avgrensede purker viser nevrotisk atferd som å tygge på kassene og rokke frem og tilbake.
Mannlige meierikalver er lenket og innesperret kalv kasser som ikke lar dem bevege seg eller snu. De blir hentet fra mødrene ved fødselen fordi de ikke er nyttige for melkeproduksjon. I stedet for mødrenes melk får de en syntetisk formel som er designet for å holde kjøttet blekt og blodfattig, som ønsket av mange forbrukere.