Blant de mange valgene er disse fem flekkene de vanligste, og begynner med etidiumbromid, som er det mest brukte. Når du jobber med denne prosessen, er det viktig å ikke bare vite forskjellene mellom flekkene, men den iboende helserisikoen.
Etidiumbromid er sannsynligvis det mest kjente fargestoffet som brukes til å visualisere DNA. Den kan brukes i gelblandingen, elektroforesebufferen, eller til å farge gelen etter at den er kjørt.
Molekyler av fargestoffet fester seg til DNA-tråder og lysstoffrør under UV-lys, og viser deg nøyaktig hvor båndene er i gelen. Til tross for sin fordel er ulempen at etidiumbromid er et potensielt kreftfremkallende middel, så det må håndteres med stor forsiktighet.
SYBR Gullfargestoff kan brukes til å farge dobbelt- eller enkeltstrenget DNA eller til å farge RNA. SYBR Gold traff markedet som et av de første alternativene til etidiumbromid og anses for å være mer følsomt.
Fordi fluorescens av det ubundne molekylet er så lavt, er det ikke nødvendig med destaining. Lisensinnehaver Molecular Probes har også (siden lanseringen av SYBR Gold) utviklet og markedsført SYBR Safe og SYBR Green, som er sikrere alternativer til etidiumbromid.
SYBR Green I og II flekker (igjen, markedsført av Molecular Probes) er optimalisert for forskjellige formål. Fordi de binder seg til DNA, anses de fremdeles som potensielle mutagener, og på grunn av dette, bør de håndteres med omhu.
SYBR Green I er mer følsom til bruk med dobbeltstrenget DNA, mens SYBR Green II derimot er beste for bruk med enkeltstrenget DNA eller RNA. I likhet med den populære etidiumbromid-flekken, fluoriserer disse svært følsomme flekkene under UV-lys.
Både SYBR Green I og II anbefales av produsenten å brukes sammen med "254 nm epi-illumination Polaroid 667 svart og hvit film og et SYBR-fotografisk filter med grønn gelbeis "for å oppnå deteksjon av 100 pg RNA eller enkeltstrenget DNA pr. bånd.
SYBR Safe ble designet for å være et tryggere alternativ til Ethidium Bromide og andre SYBR flekker. Det regnes ikke som farlig avfall og kan vanligvis kastes gjennom de vanlige kloakksystemene (dvs. ned i avløpet), fordi toksisitetstesting indikerer at det ikke er noen akutt toksisitet.
Testing også indikerer det er liten eller ingen genotoksisitet på Syrian Hamster Embryo (SHE) celler, humane lymfocytter, muslymfomceller, eller bemerket i AMES-testen. Flekken kan brukes med en blålys-transilluminator som forårsaker mindre skade på DNA som blir visualisert og gir bedre effektivitet for senere kloning.
Det er også et godt valg hvis du bruker geler med lavt smeltepunkt for utvinning av DNA. Den er veldig stabil ved høye temperaturer og har veldig lav fluorescens på egen hånd, men er svært fluorescerende når den er bundet til DNA. Eva Green har også vist seg å ha veldig lav eller ingen cytotoksisitet eller mutagenitet.