Mange forbindelser renses ved krystallisering fra en vandig løsning. Krystallen ekskluderer mange forurensninger, men vann kan passe inn i det krystallinske gitteret uten å bli kjemisk bundet til kation av forbindelsen. Påføring av varme kan drive av vannet, men prosessen skader vanligvis den krystallinske strukturen. Dette er greit hvis målet er å få en ren forbindelse. Det kan være uønsket når du dyrker krystaller for krystallografi eller andre formål.
Noen ganger er de to formene kombinert. For eksempel [Cu (H2O)4]SÅ4· H2O kan brukes for å beskrive krystallisasjonsvannet av kobber (II) sulfat.
Vann er et lite, polart molekyl som lett kan integreres i krystallgitter, men det er ikke det eneste løsningsmidlet som finnes i krystaller. Faktisk forblir de fleste løsningsmidler, i større eller mindre grad, i krystallen. Et vanlig eksempel er benzen. For å minimere effekten av et løsningsmiddel, prøver kjemikere vanligvis å fjerne så mye som mulig ved bruk av vakuumekstraksjon og kan varme en prøve for å fjerne gjenværende løsningsmiddel. Røntgenkrystallografi kan ofte påvise løsningsmiddel i en krystall.