Spanske erobrere nådde øyene Filippinene i 1521. De oppkalte landet etter Kong Filip II av Spania i 1543, og presset på å kolonisere øygruppen til tross for slike tilbakeslag som død i 1521 Ferdinand Magellan, drept i kamp av Lapu-Lapus tropper på Mactan Island.
Fra 1565 til 1821 styrte New Spanias Viceroyalty Filippinene fra Mexico City. I 1821 ble Mexico uavhengig, og Spanias regjering i Madrid tok direkte kontroll over Filippinene.
I perioden mellom 1821 og 1900 slo filippinsk nasjonalisme rot og vokste til en aktiv anti-imperial revolusjon. Da USA beseiret Spania i Spansk-amerikansk krig av 1898 fikk ikke Filippinene sin uavhengighet, men ble i stedet en amerikansk besittelse. Som et resultat endret geriljakrigen mot utenlandsk imperialisme ganske enkelt målet for sin raseri fra spansk styre til amerikansk styre.
Tre nøkkelledere inspirerte eller ledet den filippinske uavhengighetsbevegelsen. De to første - Jose Rizal og Andres Bonifacio - ville gi sine unge liv for saken. Den tredje, Emilio Aguinaldo, overlevde ikke bare å bli den første presidenten på Filippinene, men levde også videre til midten av 90-tallet.
Jose Rizal var en strålende og flertalent mann. Han var lege, romanforfatter og grunnlegger av La Liga, en fredelig antikolonial pressgruppe som møttes bare en gang i 1892 før spanske myndigheter arresterte Rizal.
Jose Rizal inspirerte sine tilhengere, inkludert den brennende opprøreren Andres Bonifacio, som deltok på det ene originale La Liga-møtet og gjenopprettet gruppen etter Rizals arrestasjon. Bonifacio og to medarbeidere forsøkte også å redde Rizal fra et spansk skip i Manila havn sommeren 1896. I desember ble imidlertid den 35 år gamle Rizal prøvd i et skammelig militærtribunal og henrettet av en spansk skytegruppe.
Andres Bonifacio, fra en fattig familie av lavere middelklasse i Manila, sluttet seg til Jose Rizal fredelige La Liga-gruppe, men mente også at spanskene måtte bli kjørt fra Filippinene av makt. Han grunnla Katipunan-opprørsgruppen, som erklærte uavhengighet fra Spania i 1896 og omringet Manila med geriljakjempere.
Bonifacio var med på å organisere og styrke opposisjonen mot spansk styre. Han erklærte seg som president for de nylig uavhengige Filippinene, selv om hans påstand ikke ble anerkjent av noe annet land. Selv andre filippinske opprørere utfordret faktisk Bonifacios rett til presidentskap, siden den unge lederen ikke hadde universitetsgrad.
Bare ett år etter at Katipunan-bevegelsen begynte sin opprør, ble Andres Bonifacio henrettet i en alder av 34 av en medopprør, Emilio Aguinaldo.
Emilio Aguinaldos familie var relativt velstående og hadde politisk makt i byen Cavite, på en smal halvøy som stikker ut i Manila Bay. Aguinaldos relativt privilegerte situasjon ga ham muligheten til å få en god utdanning, akkurat som Jose Rizal hadde gjort.
Aguinaldo meldte seg inn i Andres Bonifacios Katipunan-bevegelse i 1894 og ble general i Cavite-området da åpen krig brøt ut i 1896. Han hadde bedre militær suksess enn Bonifacio og så ned på den selvutnevnte presidenten for sin manglende utdanning.
Denne spenningen gikk over hodet da Aguinaldo rigget valg og erklærte seg president i stedet for Bonifacio. I slutten av samme år ville Aguinaldo få Bonifacio henrettet etter en rettssak.
Aguinaldo gikk i eksil sent på 1897, etter å ha overgitt seg til spueneren, men ble brakt tilbake til landet Filippinene av amerikanske styrker i 1898 for å delta i kampen som pustet ut Spania etter nesten fire århundrer. Aguinaldo ble anerkjent som den første presidenten i den uavhengige republikken Filippinene, men var tvunget tilbake til fjells som opprørsleder nok en gang da den filippinsk-amerikanske krigen brøt ut i 1901.