Generell Ulysses Grant's overveldende seire ved Forts Henry og Donelson i februar 1862 førte til tilbaketrekking av konfødererte styrker ikke bare fra staten Kentucky, men også fra det meste av Vest-Tennessee. Brigadegeneral Albert Sidney Johnston plasserte styrkene sine, nummerert til 45.000 tropper, ved og rundt Corinth, Mississippi. Denne beliggenheten var et viktig transportsenter siden det var et veikryss for både jernbanene Mobile & Ohio og Memphis & Charleston, ofte referert til som 'korsvei av konføderasjonen'.
General Johnston dør under et sniktangrep
I april 1862 hadde generalmajor Grants hær av Tennessee vokst til nesten 49 000 soldater. De trengte en hvile, så Grant slo leir på den vestlige siden av Tennessee River ved Pittsburg Landing mens han ventet på fullbyrding og også trente soldater som ikke hadde noen kampopplevelse. Grant planla også sammen med brigadegeneral William T. Sherman for deres angrep på den konfødererte hæren i Corinth, Mississippi. Videre ventet Grant på at Army of Ohio skulle ankomme, kommandert av generalmajor Don Carlos Buell.
I stedet for å sitte og vente på Korint, hadde general Johnston flyttet sine konfødererte tropper nær Pittsburg Landing. Om morgenen 6. april 1862 foretok Johnston et overraskelsesangrep mot Grants hær og presset ryggen mot Tennessee River. Rundt klokka 14:15 den dagen ble Johnston skutt bak høyre kne og døde i løpet av en time. Før hans død sendte Johnston sin personlige lege for å behandle skadde unionssoldater. Det er spekulasjoner i at Johnston ikke følte skaden på høyre kne på grunn av nummenhet fra a såret til bekkenet som han led av en duell som ble kjempet under Texas-krigen for uavhengighet i 1837.
Grants motangrep
De konfødererte styrkene ble nå ledet av general Pierre G.T. Beauregard. Selv om Grants styrker ble antatt å være sårbare, gjorde Beauregard det som skulle vise seg å være en uklok beslutning om å slutte å kjempe i skumringen den første dagen.
Den kvelden ankom endelig generalmajor Buell og hans 18.000 soldater til Grants leir nær Pittsburgs Landing. Om morgenen gjorde Grant sitt motangrep mot de konfødererte styrkene, noe som resulterte i en stor seier for unionshæren. I tillegg knytt Grant og Sherman et nært vennskap på Shiloh-slagmarken som ble igjen med dem gjennom hele borgerkrigen og førte uten tvil til den endelige seieren av Union på slutten av dette konflikt.
Slaget ved Shiloh
De Slaget ved Shiloh er sannsynligvis en av de viktigste kampene i borgerkrigen. I tillegg til å tape kampen, led konføderasjonen et tap som kan ha kostet dem krigen - brigadegeneral Albert Sidney Johnstons død som skjedde på kampens første dag. Historien har ansett general Johnston for å ha vært konføderasjonens mest dyktige kommandør på hans tidspunkt - Robert E. Lee var ikke feltkommandør på dette tidspunktet - ettersom Johnston hadde vært en militær offiser med over 30 år med aktiv erfaring. Ved slutten av krigen ville Johnston være den høyest rangerte offiseren som ble drept på begge sider.
Slaget ved Shiloh var det dødeligste slaget i USAs historie fram til den tid med havarier som oversteg totalt 23.000 for begge sider. Etter slaget ved Shiloh var det helt klart for Grant at den eneste måten å beseire konføderasjonen ville være å ødelegge hærene deres.
Gi Excel's til tross for hans alkoholisme
Selv om Grant fikk både ros og kritikk for sine handlinger som førte til og under slaget ved Shiloh, ble major General Henry Halleck fjernet Grant fra kommandoen for Army of the Tennessee og overførte kommandoen til brigadegeneral George H. Thomas. Halleck baserte sin avgjørelse delvis på anklager om alkoholisme fra Grant og fremmet Grant til posisjon til å være nestkommanderende for de vestlige hærene, som i det vesentlige fjernet Grant fra å være et aktivt felt kommandør. Grant ønsket å kommandere, og han var klar til å trekke seg og gå bort til Sherman overbeviste ham om noe annet.
Etter Shiloh gjorde Halleck en sneglekryp til Corinth, Mississippi tok 30 dager å flytte hæren sin 19 mil og i prosessen tillot hele konfødererte styrken som var stasjonert der bare å gå bort. Unødvendig å si, Grant ble returnert til sin posisjon som kommandant for hæren i Tennessee, og Halleck ble Unionens generalsjef. Dette betyr at Halleck rykket bort fra fronten og ble en byråkrat hvis hovedansvar var koordineringen av alle unionsstyrker i feltet. Dette var en sentral beslutning da Halleck var i stand til å utmerke seg i denne stillingen og samarbeide godt med Grant da de fortsatte å kjempe mot konføderasjonen.