På bakgrunn av arkeologiske funn har det blitt postulert det hominid aktiviteten i Japan kan datere så tidlig som 200 000 F.Kr. da øyene ble koblet til det asiatiske fastlandet. Selv om noen forskere tviler på denne tidlige datoen for beboelse, er de fleste enige om at rundt 40 000 B.C. glaciation hadde koblet øyene igjen med fastlandet.
Befolkning av landet Japan
Basert på arkeologiske bevis, er de også enige om at mellom 35.000 og 30.000 B.C. Homo sapiens hadde migrert til øyene fra Øst- og Sørøst-Asia og hadde veletablerte mønstre av jakt og samling og steinredskaper. Steinverktøy, beboingssteder og menneskelige fossiler fra denne perioden er funnet over alle øyene i Japan.
Jomon-perioden
Mer stabile levemønster ga opphav med rundt 10.000 B.C. til neolittiske eller som noen forskere hevder, Mesolithic kultur. Muligens fjerne forfedre til Ainu-opprinnelige folk i det moderne Japan, medlemmer av den heterogene Jomon-kulturen (ca. 10.000-300 f.Kr.) etterlot seg den tydeligste arkeologiske journalen. Etter 3000 f.Kr. laget Jomon-folket leirfigurer og kar som var dekorert med mønstre laget ved å imponere våt leire med flettet eller ubrettet ledning og pinner (Jomon betyr "mønstre av flettet ledning") med voksende raffinement. Disse menneskene brukte også flislagte verktøy, feller og buer og var jegere, samlere og dyktige kyst- og dyptvannsfiskere. De praktiserte en rudimentær form for jordbruk og bodde i huler og senere i grupper av enten midlertidige grunne boliger eller hus over bakken, og etterlater rike kjøkkenmidler til moderne antropologisk studie.
I slutten av Jomon-perioden hadde det skjedd et dramatisk skifte i henhold til arkeologiske studier. Begynnende dyrking hadde utviklet seg til sofistikert risdyravl og myndighetskontroll. Mange andre elementer i japansk kultur kan også stamme fra denne perioden og gjenspeiler en blandet migrasjon fra det nordasiatiske kontinentet og de sørlige Stillehavsområdene. Blant disse elementene er Shinto-mytologi, ekteskapsskikker, arkitektoniske stiler og teknologisk utvikling, som lakkvarer, tekstiler, metallbearbeiding og glassproduksjon.
Yayoi-perioden
Den neste kulturelle perioden, Yayoi (oppkalt etter delen av Tokyo hvor arkeologiske undersøkelser avdekket sine spor) blomstret mellom rundt 300 f.Kr. og A.D. fra sørlige Kyushu til nordlige Honshu. De tidligste av disse menneskene, som antas å ha migrert fra Korea til Nord-Kyushu og blandet med Jomon, brukte også flislagt steinverktøy. Selv om keramikken til Yayoi var mer teknologisk avansert, var den enklere dekorert enn Jomon ware.
Yayoi laget ikke-funksjonelle klokker, speil og våpen av bronseseremoni, og fra det første århundre A.D., jernbruksredskaper og våpen. Etter hvert som befolkningen økte og samfunnet ble mer sammensatt, vevde de stoff, bodde i permanente jordbrukslandsbyer, konstruert bygninger av tre og stein, akkumulert formue gjennom landseierskap og lagring av korn, og utviklet distinkte sosiale klasser. Deres irrigert, våt-ris kultur var lik den i det sentrale og sørlige Kina, og krever tunge innspill av menneskelig arbeidskraft, noe som førte til utvikling og eventuell vekst av et svært stillesittende, agrarisk samfunn.
I motsetning til Kina, som måtte påta seg massive offentlige arbeider og vannkontrollprosjekter, noe som førte til en høysentralisert regjering, hadde Japan rikelig med vann. I Japan var den lokale politiske og sosiale utviklingen relativt viktigere enn sentralmyndighetens aktiviteter og et stratifisert samfunn.
De tidligste skrevne postene om Japan er fra kinesiske kilder fra denne perioden. Wa (den japanske uttalen av et tidlig kinesisk navn for Japan) ble først nevnt i A.D. 57. Tidlige kinesiske historikere beskrev Wa som et land med hundrevis av spredte stammesamfunn, ikke samlet land med en 700-årig tradisjon som lagt opp i Nihongi, som setter grunnlaget for Japan kl 660 f.Kr.
Kinesiske kilder fra det tredje århundre rapporterte at Wa-folket levde av rå grønnsaker, ris og fisk som ble servert på bambus- og trebrett, hadde forhold mellom vokalmester, samlet inn skatter, hadde provinsielle kornmasser og markeder, klappet hendene i tilbedelse (noe som fremdeles gjøres i Shinto-helligdommer), hadde voldelige suksesskamper, bygde jordskoger og observert sorg. Himiko, en kvinnelig hersker i en tidlig politisk føderasjon kjent som Yamatai, blomstret i løpet av det tredje århundre. Mens Himiko regjerte som en åndelig leder, gjennomførte hennes yngre bror statstilstander, som inkluderte diplomatiske forbindelser med retten til det kinesiske Wei-dynastiet (A.D. 220 til 65).