Katastrofale flom på Gul elv vasket avlinger, druknet landsbyboere og forandret elvens kurs slik at den ikke lenger møtte opp med Grand Canal. De sultne overlevende fra disse katastrofene begynte å tro at deres etnisk-mongolske herskere, the Yuan-dynastiet, hadde mistet Himmelens mandat. Da de samme herskerne tvang 150.000 til 200.000 av sine kinesiske Han-kinesere til å vise seg for en massiv arbeidskrave for å grave ut kanalen igjen og bli med den til elven, gjorde opprørerne opprør. Denne oppstanden, kalt Det røde turbanopprøret, signaliserte begynnelsen på slutten for mongolsk styre over Kina.
Den første lederen for de røde turbanene, Han Shantong, rekrutterte sine tilhengere fra tvangsarbeiderne som gravde ut kanalbedet i 1351. Hans bestefar hadde vært sektleder for White Lotus-sekten, som ga de religiøse underlag for det røde turbanopprøret. Myndighetene i Yuan-dynastiet tok snart til fange og henrettet Han Shantong, men sønnen hans tok plassen i spissen for opprøret. Begge Hans var i stand til å spille på sine tilhengeres sult, deres misnøye over å bli tvunget til å jobbe uten lønn for regjeringen, og deres dyptliggende mislikning av å bli styrt av "barbarer" fra Mongolia. I Nord-Kina førte dette til en eksplosjon av Red Turban anti-regjeringsaktivitet.
I mellomtiden startet det sørlige Kina et annet rødt turbanopprør under ledelse av Xu Shouhui. Den hadde lignende klager og mål som de nordlige røde turbanene, men de to var ikke koordinert på noen måte.
Selv om bondesoldatene opprinnelig identifiserte seg med fargen hvit (fra White Lotus Society), byttet de snart til den mye heldigere fargen rød. For å identifisere seg hadde de røde pannebånd eller hong jin, som ga opprøret sitt vanlige navn som "Red Turban Rebellion." Bevæpnet med provisoriske våpen og gårdsredskaper, de skal ikke ha vært en reell trussel mot de mongolske ledede hærene til sentralstyret, men Yuan-dynastiet var i kaos.
Opprinnelig var en dyktig kommandør som heter hovedrådmann Toghto, i stand til å sette sammen en effektiv styrke på 100 000 keiserlige soldater for å sette ned de nordlige røde turbanene. Han lyktes i 1352, og dirigerte Han's hær. I 1354 gikk de røde turbanene på offensiven en gang til, og kuttet Grand Canal. Toghto samlet en styrke tradisjonelt til 1 million, selv om det uten tvil er en grov overdrivelse. Akkurat da han begynte å bevege seg mot de røde turbanene, resulterte domstolens intriger i at keiseren avskjediget Toghto. Hans rasende offiserer og mange av soldatene øde i protest mot hans fjerning, og Yuan-domstolen var aldri i stand til å finne en annen effektiv general for å lede den anti-røde Turban-innsatsen.
I løpet av slutten av 1350-årene og begynnelsen av 1360-årene kjempet lokale ledere av de røde turbanene seg imellom for kontroll over soldater og territorium. De brukte så mye energi på hverandre at Yuan-regjeringen ble stående i relativ fred en tid. Det virket som om opprøret kunne kollapse under tyngden av forskjellige krigsherrens ambisjon.
Han Shantongs sønn døde imidlertid i 1366; noen historikere mener at hans general, Zhu Yuanzhang, fikk ham druknet. Selv om det tok to år til, førte Zhu bondehæren sin til å fange den mongolske hovedstaden i Dadu (Beijing) i 1368. Yuan-dynastiet falt, og Zhu etablerte en ny, etnisk-Han kinesisk dynastiet kalt Ming.