TBE og TAE brukes som buffere i molekylærbiologi, først og fremst for elektroforese av nukleinsyrer. Trisbuffere brukes under svakt basale pH-betingelser, som for DNA-elektroforese, fordi dette holder på DNA løselig i løsningen og avbeskyttet slik at den blir tiltrukket av den positive elektroden og vil vandre gjennom en gel. EDTA er en ingrediens i løsningen fordi dette vanlig chelateringsmiddel beskytter nukleinsyrer mot nedbrytning av enzymer. EDTA kelaterer toverdige kationer som er kofaktorer for nukleaser som kan forurense prøven. Siden magnesiumkationen er en kofaktor for DNA-polymerase og restriksjonsenzymer, holdes imidlertid konsentrasjonen av EDTA målrettet lav (ca. 1 mM konsentrasjon).
Du trenger ikke å sterilisere løsningen. Selv om nedbør kan forekomme etter et tidsrom, er bestandsløsningen fortsatt brukbar. Du kan justere pH ved å bruke en pH-meter og dråpevis tilsette konsentrert saltsyre (HCl). Det er greit å lagre TBE-buffer ved romtemperatur, selv om du kanskje vil filtrere stamløsningen gjennom et 0,22 mikron filter for å fjerne partikkel som vil fremme nedbør.
Å bruke en 5X eller 10X lagerløsning ved en tilfeldighet vil gi deg dårlige resultater fordi det vil bli generert så mye varme. I tillegg til å gi deg dårlig oppløsning, kan prøven bli skadet.
Selv om TBE og TAE er vanlige elektroforesebuffere, er det det andre muligheter for ledende løsninger med lav molaritet, inkludert litiumboratbuffer og natriumboratbuffer. Problemet med TBE og TAE er at Tris-baserte buffere begrenser det elektriske feltet som kan brukes i elektroforese fordi for mye ladning forårsaker en løpstemperatur.