I visse regioner, som Sør-India, holdt hindu-riker fast og presset til og med mot det muslimske tidevannet. Underkontinentet møtte også invasjoner av kjente sentralasiatiske erobrere Genghis khan, som ikke var muslim, og Timur eller Tamerlane, som var.
Denne perioden var en forløper for Mughal Era (1526–1857). De Mughal Empire ble etablert av Babur, en muslimsk prins som opprinnelig var fra Usbekistan. Under senere Mughals, spesielt Akbar den store, de muslimske keiserne og deres hinduiske subjekter nådde en enestående forståelse og skapte en vakker og blomstrende flerkulturell, multietnisk og religiøst mangfoldig stat.
I 1206, en tidligere Mamluk slave ved navn Qutbubuddin Aibak erobret Nord-India og grunnla et rike. Han utnevnte seg til sultan fra Delhi. Aibak var en sentralasiatisk turkisk foredragsholder, som også grunnleggerne av tre av de neste fire sultanatene i Delhi. Totalt fem dynastier av muslimske sultaner styrte store deler av Nord-India fram til 1526, da Babur feide ned fra Afghanistan for å finne Mughal-dynastiet.
I 1221 flyktet sultanen Jalal ad-Din Mingburnu fra hovedstaden sin i Samarkand, Usbekistan. Khwarezmid-imperiet hans hadde falt til de fremrykkende hærene til Genghis Khan, og faren hans ble drept, så den nye sultanen flyktet sørover og østover i India. Ved Indus-elven i det som nå er Pakistan, fanget mongolene Mingburnu og hans 50.000 gjenværende tropper. Den mongolske hæren var bare 30 000 sterke, men den festet perserne mot elvebredden og desimerte dem. Det kan være lett å synes synd på sultanen, men farens beslutning om å myrde mongolske utsendinger var den umiddelbare gnisten som sette av de mongolske erobringene i Sentral-Asia og videre i utgangspunktet.
Chola-dynastiet i Sør-India hadde en av de lengste løpene av ethvert dynasti i menneskets historie. Grunnlagt en tid i 300-tallet f.Kr., og varte til året 1250 e.Kr. Det er ingen oversikt over en eneste avgjørende kamp; snarere vokste det nabolandet Pandyan Empire ganske enkelt i styrke og innflytelse i en slik grad at det overskygget og gradvis slukket den gamle Chola-politeten. Disse hinduistiske kongedømmene var langt nok sør for å unnslippe innflytelsen fra muslimske erobrere som kom ned fra Sentral-Asia.
I 1290 falt Mamluk-dynastiet i Delhi, og Khilji-dynastiet oppstod i stedet for å bli den andre av de fem familiene som styrte Sultanatet i Delhi. Khilji-dynastiet ville henge på makten bare til 1320.
I løpet av den korte 30-årige regjeringen avverget Khilji-dynastiet en rekke inngrep fra det mongolske riket. Det siste, avgjørende slaget som endte mongolske forsøk på å ta India, var slaget ved Jalandhar i 1298, der Khilji-hæren slaktet rundt 20 000 mongoler og drev de overlevende ut av India for flink.
I 1320 grep en ny familie av blandet turkisk og indisk blod kontroll over Sultanatet i Delhi, og begynte Tughlaq-dynastiet. Tughlaq-dynastiet ble grunnlagt av Ghazi Malik, og utvidet sørover over Deccan-platået og erobret det meste av Sør-India for første gang. Disse territorielle gevinstene varte imidlertid ikke lenge. I 1335 hadde Delhi-sultanatet krympet ned i sitt vante område i Nord-India.
Interessant nok tjente den berømte marokkanske reisende Ibn Battuta som qadi eller islamsk dommer i retten til Ghazi Malik, som hadde tatt tronenavnet Ghyasuddin Tughlaq. Han var ikke gunstig imponert over den nye herskeren over India, og beklagde de forskjellige torturene som ble brukt mot mennesker som ikke klarte å betale skatt, inkludert å få øynene revet ut eller smeltet bly skjenket ned strupen. Ibn Battuta var spesielt forferdet over at disse redselene ble gjort mot muslimer så vel som vantro.
Da Tughlaq-makten raskt avtok i Sør-India, stormet et nytt hinduimperium for å fylle maktvakuumet. Vijayanagara-imperiet ville styre i mer enn tre hundre år fra Karnataka. Det brakte enestående enhet til Sør-India, hovedsakelig basert på hinduisk solidaritet i møte med den opplevde muslimske trusselen mot nord.
Selv om Vijayanagara klarte å forene store deler av Sør-India, mistet de snart det fruktbare Deccan Plateau som strekker seg over subkontinentets midje til et nytt muslimsk sultanat. Bahmani-sultanatet ble grunnlagt av en turkisk opprører mot Tughlaqene kalt Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Han wrestet dekaneren vekk fra Vijayanagara, og sultanatet hans forble sterkt i mer enn et århundre. På 1480-tallet gikk imidlertid Bahmani-sultanatet i en bratt nedgang. Innen 1512 hadde fem mindre sultanater brutt av. Femten år senere var den sentrale Bahmani-staten borte. I utallige kamper og trefninger klarte de små etterfølgerstatene å avverge totalt nederlag av Vijayanagar Empire. Imidlertid i 1686, den hensynsløse keiseren Aurengzeb av Mughals erobret de siste restene av Bahmani Sultanate.
Madurai-sultanatet, også kjent som Ma'bar-sultanatet, var en annen turkisk-styrt region som hadde frigjort seg fra Delhi-sultanatet. Basert langt sør i Tamil Nadu varte Madurai-sultanatet bare 48 år før det ble erobret av Vijayanagara Kingdom.
Det fjortende århundre av den vestlige kalenderen endte i blod og kaos for Tughlaq-dynastiet i Delhi-sultanatet. Den blodtørste erobreren Timur, også kjent som Tamerlane, invaderte Nord-India og begynte å erobre Tughlaqs byer en etter en. Innbyggere i de rammede byene ble massakrert, deres avskårne hoder ble stablet inn i pyramider. I desember 1398 tok Timur Delhi, plyndret byen og slaktet innbyggerne. Tughlaqene holdt fast ved makten frem til 1414, men hovedstaden deres kom seg ikke tilbake fra terroren til Timur på mer enn et århundre.