Det var ingen "offisielle" visepresidentkandidater ved valget i 1800. I følge den amerikanske grunnloven tok valgmenn to valg for president, og den som fikk flest stemmer ble president. Personen med nest flest stemmer ble visepresident. Dette vil endre seg med passering av det 12. endringsforslaget.
Til tross for at det ikke var noen offisiell visepresidentkandidat, løp Thomas Jefferson med Aaron Burr som sin løpskamerat. Deres "billett" fikk flest stemmer, og avgjørelsen om hvem som skulle bli president ble gitt til valgene. John Adams ble parret med enten Pinckney eller Jay. I følge Riksarkivet ble det imidlertid ikke ført noen offisiell registrering av antall populære stemmer.
Det var en valgavstemning mellom Thomas Jefferson og Aaron Burr med 73 stemmer hver. På grunn av dette fikk Representantenes hus bestemme hvem som skulle være president og hvem som skulle være visepresident. På grunn av en intens kampanje av Alexander Hamilton, Thomas Jefferson ble valgt ut over Aaron Burr etter 35 stemmesedler. Hamiltons handlinger ville være en faktor som førte til hans død i en duell med Burr i 1804.