Reptiler er en gruppe med firbeinte ryggvirvler (også kjent som tetrapods) som divergerte fra forfedre amfibier for omtrent 340 millioner år siden. Der utviklet det seg to kjennetegn som tidlige krypdyr som skiller dem fra sine amfibiske forfedre og som gjorde dem i stand til å kolonisere landhabitater i større grad enn amfibier. Disse egenskapene er vekter og fostervann egg (egg med en indre væskemembran).
krokodiller er en gruppe av store reptiler som inkluderer alligatorer, krokodiller, gharials og kaimaner. Krokodiller er formidable rovdyr med kraftige kjever, en muskulær hale, store beskyttelsesveier, strømlinjeformet kropp og øyne og nesebor som er plassert på toppen av hodet. Krokodilianere dukket først opp for rundt 84 millioner år siden under den late kristenen og er fuglenes nærmeste levende slektninger. Krokodiller har forandret seg lite de siste 200 millioner årene. Det er omtrent 23 arter av krokodiller i live i dag.
Squamates er det mest mangfoldige av alle krypdyrgruppene, med omtrent 7400 levende arter. Squamates inkluderer øgler, slanger og ormefisler. Squamates dukket først opp i fossilprotokollen under midten av jura og eksisterte sannsynligvis før den tid. Den fossile posten for squamates er ganske sparsom. Moderne squamates oppstod for rundt 160 millioner år siden, i løpet av den sene juraperioden. De tidligste firfirselfossilene er mellom 185 og 165 millioner år gamle.
Tuatara er en gruppe av krypdyr som er øgdelignende i utseende, men de skiller seg fra squamates ved at skallen deres ikke er ledd. Tuatara var en gang utbredt, men i dag er det bare to arter av tuatara som gjenstår. Utvalget deres er nå begrenset til bare noen få øyer på New Zealand. Den første tuataraen dukket opp i mesozoisk tid, for rundt 220 millioner år siden, omtrent samtidig som de første dinosaurene dukket opp. De nærmeste levende slektningene til tuataraen er squamates.
Skilpadder er blant de eldste av krypdyrene som lever i dag og har forandret seg lite siden de dukket opp for rundt 200 millioner år siden. De har et beskyttende skall som omslutter kroppen og gir beskyttelse og kamuflasje. Skilpadder bor på land, ferskvann og marine habitater og finnes både i tropiske og tempererte strøk. De første skilpaddene dukket opp for mer enn 220 millioner år siden i løpet av den sene triasperioden. Siden den tid har skilpadder forandret seg lite, og det er godt mulig moderne skilpadder ligner tett på de som streifet rundt jorden i dinosaurenes tid.