Som alle forskere bygde Darwin på forskningen til mange forskere som kom foran ham. Selv eldgamle filosofer kom med historier og ideer som ville bli betraktet som grunnlaget for evolusjonen. Så hvorfor får Darwin æren for at han kom med Theory of Evolution? Han var den første som publiserte ikke bare teorien, men bevis og en mekanisme (naturlig utvalg) for hvordan evolusjonen skjer. Det skal bemerkes at Darwins opprinnelige publikasjon om naturlig utvalg og evolusjon faktisk var et felles papir med Alfred Russel Wallace, men etter å ha snakket med geolog Charles Lyell, Darwin gikk raskt bak Wallaces rygg for å skrive et abstrakt og publisere sitt uten tvil mest kjente verk På artenes opprinnelse.
Charles Darwins data og forfattere ble delt i 1858 på Linnaean Society of Londons årsmøte. Det var faktisk Charles Lyell som samlet Darwins arbeid med Alfred Russel Wallaces publiserte data og fikk dem på agendaen for møtet. Ideen om evolusjon gjennom naturlig seleksjon ble i beste fall møtt med en lunken mottakelse. Darwin hadde ikke ønsket å publisere verket sitt enda, ettersom han fortsatt satt sammen brikkene for å komme med et overbevisende argument. Et år senere publiserte han
På artenes opprinnelse. Boken, som var fylt med bevis og postulering om hvordan arter endrer seg over tid, ble akseptert bredere enn den opprinnelige publiseringen av ideene. Imidlertid møtte han fortsatt en viss motstand og ville fortsette å redigere boka og legge til flere bevis og ideer flere ganger til han døde i 1882.I motsetning til den vanlige troen, var ikke Charles Darwin en ateist. På et tidspunkt studerte han faktisk for å bli presteskap. Hans kone, Emma Wedgwood Darwin, var en hengiven kristen og var veldig involvert i Church of England. Darwins funn endret imidlertid troen gjennom årene. I brev skrevet av Darwin ville han beskrive seg selv som "agnostiker" i slutten av livet. Mye av hans endring i troen var faktisk forankret i datterens lange, smertefulle sykdom og død, ikke nødvendigvis hans arbeid med evolusjonen. Han trodde at religion eller tro var en viktig del av menneskets eksistens og latterliggjorde eller foraktet aldri noen som ville tro. Han ble ofte sitert for å si at det var en mulighet for en slags høyere makt, men han gjorde det ikke lenger fulgte kristendommen og det smerte ham at han ikke kunne tro på favorittbøkene hans i Bibelen: the Evangeliene. Den liberale unitariske kirken omfavnet faktisk Darwin og ideene hans med ros og begynte å innlemme evolusjonens ideer i deres trossystem.
Denne misforståelsen om Charles Darwin ser ut til å komme fra tittelen på hans uten tvil mest berømte bok På artenes opprinnelse. Selv om den tittelen ser ut til å peke på en forklaring på hvordan livet startet, er det ikke tilfelle. Darwin gir ingen tanker om hvordan livet startet på jorden, da det var utenfor rammen for dataene hans. I stedet legger boka ut ideen om hvordan arter endrer seg over tid gjennom naturlig seleksjon. Mens det antyder at alt liv på en eller annen måte er relatert til en felles stamfar, prøver ikke Darwin å forklare hvordan den felles stamfar ble til. Darwins teori om evolusjon var basert på hva moderne forskere ville vurdere makroevolusjon og biologisk mangfold enn mikroevolusjon og livets byggesteiner.
Det var en kamp for Darwin å avgjøre om han ville inkludere tankene hans eller ikke menneskelig evolusjon i publikasjonene hans. Han visste at de ville være kontroversielle, og mens han hadde noen overfladiske bevis og mye intuisjon om emnet, slapp han først fra å forklare hvordan mennesker hadde utviklet seg. Etter hvert skrev han The Descent of Man og forklarte hypotesen hans om hvordan mennesker utviklet seg. Han sa imidlertid aldri at mennesker utviklet seg fra aper, og denne uttalelsen viser en samlet misforståelse av evolusjonsbegrepet. Mennesker er relatert til primater, som aper, på livets tre. Mennesker er ikke direkte etterkommere etter aper eller aper, og tilhører en annen gren av slektstreet. Det ville være mer nøyaktig å si at mennesker og aper er søskenbarn for å si det kjent.