Vannmiljøer er verdens viktigste vannhabitater. Som landbiomerkan akvatiske miljøer også deles ut basert på vanlige kjennetegn. To vanlige betegnelser er ferskvanns- og havsamfunn.
Ferskvannssamfunn
Elver og bekker er vannmasser som kontinuerlig beveger seg i en enkelt retning. Begge deler er raskt skiftende lokalsamfunn. Kilden til elven eller bekken skiller seg vanligvis betydelig fra det punktet hvor elven eller bekken tømmes. En rekke planter og dyr kan finnes i disse ferskvannssamfunnene, inkludert ørret, alger, cyanobakterier, fungi, og selvfølgelig forskjellige fiskearter.
elveos er områdene der ferskvannsstrømmer eller elver møter havet. Disse svært produktive regionene inneholder vidt mangfoldig plante- og dyreliv. Elven eller bekken bærer vanligvis mange næringsstoffer fra innlands kilder, noe som gjør at elvemunninger er i stand til å støtte dette rike mangfoldet og høye produktiviteten. Elvemunningene er fôrings- og yngleplasser for en rekke dyr, inkludert vannfugler, reptiler, pattedyr, og amfibier.
Innsjøer og dammer er stående vannmasser. Mange bekker og elver ender i innsjøer og dammer. Planteplankton finnes vanligvis i de øvre lagene. Fordi lys absorberes bare til visse dybder, fotosyntese er vanlig bare i de øvre lagene. Innsjøer og dammer støtter også en rekke plante- og dyreliv, inkludert små fisker, saltlake reker, vannlevende insekter og mange plantearter.
Marine fellesskap
Oceans dekker omtrent 70% av jordoverflaten. Havsamfunn er vanskelige å dele inn i forskjellige typer, men kan klassifiseres ut fra graden av lysinntrenging. Den enkleste klassifiseringen består av to distinkte soner: the fotiske og aphotic soner. Den fotiske sonen er lyssonen eller området fra overflaten av vannet til dypet, hvor lysintensiteten bare er rundt 1 prosent av det ved overflaten. Fotosyntese forekommer i denne sonen. De aller fleste marine liv eksisterer i den fotiske sonen. Den apotiske sonen er et område som får lite eller ingen sollys. Miljøet i denne sonen er ekstremt mørkt og kaldt. Organismer som lever i den apotiske sonen er ofte bioluminescerende eller er ekstremofile og dyktige til å leve i ekstreme miljøer. I likhet med de andre samfunnene lever en rekke organismer i havet. Noen inkluderer sopp, svamper, sjøstjerne, havanemoner, fisk, krabber, dinoflagellater, grønne alger, sjøpattedyr, og gigantisk tare.