Forholdene som fanget unionssoldater varte på Confederacy's Andersonville fengsel var forferdelige. I løpet av de 18 månedene som fengselet var i drift, døde nesten 13 000 unionssoldater fra underernæring, sykdom og eksponering for elementene på grunn av umenneskelig behandling av Andersonville's Commander Henry Wirz. Så det burde virkelig ikke komme som noen overraskelse at hans straffeforfølgelse for krigsforbrytelser etter Sørens overgivelse er den mest kjente rettssaken som følge av Borgerkrig. Men det er ikke så vanlig kjent at det var nesten tusen andre militære forfølgelser av konføderater. Mange av disse skyldtes mishandling av fangede unionssoldater.
Henry Wirz
Henry Wirz tok kommandoen over Andersonville fengsel 27. mars 1864, omtrent en måned etter at de første fangene ankom dit. En av Wirzs første handlinger var å skape et område som ble kalt deadline-gjerdet, designet for å øke sikkerheten ved å holde fanger borte fra arkadeveggen. Enhver fange som krysset "dødlinjen" ble utsatt for å bli skutt av fangevokterne. Under Wirzs regjeringstid som sjef brukte han trusler for å holde fanger i kø. Da det ikke så ut til at trusler fungerte, beordret Wirz vakter for å skyte fanger. I
Mai 1865, Ble Wirz arrestert i Andersonville og fraktet til Washington DC. å avvente rettssak. Wirz ble prøvd for å ha konspirert for å skade og / eller drepe fangede soldater ved å urettmessig nekte dem tilgang til mat, medisinsk utstyr og klær. Han ble også siktet for drap for personlig henrettelse av et antall fanger.Omtrent 150 vitner vitnet mot Wirz under hans militære rettssak, som varte fra 23. august til 18. oktober 1865. Etter å ha blitt funnet skyldig i alle siktelser mot ham, ble Wirz dømt til døden og hengt 10. november 1865.
James Duncan
James Duncan var en annen offiser fra Andersonville fengsel som også ble arrestert. Duncan, som var blitt tildelt kvartmesterkontoret, ble dømt for drap for forsettlig tilbakeholdelse av mat fra fangene. Han ble dømt til 15 års hardt arbeid, men slapp unna etter å ha sonet bare ett år av sin dom.
Champ Ferguson
Ved begynnelsen av borgerkrigen var Champ Ferguson bonde i Øst-Tennessee. Dette områdets befolkning var ganske likt fordelt mellom å støtte unionen og konføderasjonen. Ferguson organiserte et geriljaselskap som angrep og drepte unionssympatisører. Ferguson fungerte også som speider for oberst John Hunt Morgan's Kentucky kavaleri, og Morgan forfremmet Ferguson til rang som kaptein for partisan Rangers. Den konfødererte kongressen vedtok et tiltak kalt Partisan Ranger Act som muliggjorde rekruttering av uregelmessige personer til tjeneste. Det skal bemerkes at på grunn av mangel på disiplin blant Partisan Rangers, general Robert E. Lee ba om opphevelse av loven av den konfødererte kongressen i februar 1864. Etter en rettssak for en militær domstol ble Ferguson dømt for å ha drept mer enn 50 fangede unionssoldater. Han ble henrettet ved henging i oktober 1865.
Robert Kennedy
Robert Kennedy var en konføderert offiser som hadde blitt tatt til fange av unionsstyrker og ble fengslet i Johnson's Island Military Prison. Fengselet lå i Sandusky Bay, som ligger ved innsjøen Erie-kysten bare noen mil fra Sandusky, Ohio. Kennedy rømte fra Johnsons øy i oktober 1864, og tok seg til Canada - som opprettholdt nøytralitet overfor begge sider. Kennedy møtte flere konfødererte offiserer som brukte Canada som utskytningsplate for å utføre krigshandlinger mot unionen. Han deltok i et komplott for å starte branner på en rekke hoteller, så vel som på et museum og et teater i New York City, med den hensikt å overvelde lokale myndigheter. Alle brannene ble enten slukket raskt eller klarte ikke å gjøre noen skade. Kennedy var den eneste som ble tatt til fange. Etter en rettssak for et militært domstol ble Kennedy henrettet ved henging i mars 1865.