TBE-buffer (Tris-borat-EDTA) er en bufferoppløsning som består av Tris-base, borsyre og EDTA (etylendiaminetetraeddiksyre). Denne bufferen brukes ofte til agarosegelelektroforese i analysen av DNA-produkter som er et resultat av PCR-amplifisering, DNA-renseprotokoller eller DNA-kloningsforsøk.
TBE Bruker
TBE-buffer er spesielt nyttig for separasjon av mindre DNA-fragmenter (MW <1000), så som små produkter fra restriksjonsenzym fordøyer. TBE har større bufferkapasitet og vil gi skarpere oppløsning enn TAE-buffer. TAE (Tris-acetate-EDTA) -buffer er en løsning som består av Tris-base, eddiksyre og EDTA.
TBE er generelt dyrere enn TAE og hemmer DNA-ligase, noe som kan forårsake problemer hvis påfølgende DNA-rensing og ligeringstrinn er ment. Lær hvordan du lager TBE-buffer med de tre enkle trinnene som følger. Det bør ikke ta mer enn omtrent 30 minutter å lage.
Hva trenger du
For å lage TBE-buffer trenger du bare fire stoffer. De gjenværende elementene på denne listen er utstyr. De fire stoffene som kreves er EDTA dinatriumsalt, Tris-base, borsyre og avionisert vann.
Når det gjelder utstyr, trenger du en pH-måler og kalibreringsstandarder, etter behov. I tillegg vil du ha noen 600-ml og 1500-ml beger eller kolber. Avrunding av utstyrsbehovet ditt er graderte sylindere, rørejern og røreplater.
Sjekk inventaret på laboratoriet du skal bruke for å sikre at du har alt du trenger før du kommer i gang. Ingenting er verre enn å måtte stoppe midt i å forberede en løsning fordi du har gått tom for de riktige materialene.
Hvis laboratoriet ditt er på skolen eller arbeidsplassen din, må du ta kontakt med riktig personell for å se at de har alle varene på lager. Hvis du gjør det, kan du spare tid og energi til slutt.
Formelvekt er forkortet som FW. Det er atomvekten til et element multiplisert med antall atomer i hvert element i en formel, og deretter legge alle massene til hvert element sammen.
Aksjeløsning av EDTA
En EDTA-løsning bør utarbeides på forhånd. EDTA vil ikke gå helt inn i løsningen før pH er justert til omtrent 8,0. For en 500-milliliter stamløsning av 0,5 M EDTA, veier du 93,05 gram EDTA-dinatriumsalt (FW = 372,2). Løs den deretter opp i 400 ml avionisert vann og juster pH med NaOH (natriumhydroksyd). Etter dette, fyll opp løsningen til et sluttvolum på 500 ml.
Aksjeløsning av TBE
Lag en konsentrert (5x) stamløsning av TBE ved å veie 54 gram Tris-base (FW = 121,14) og 27,5 gram borsyre (FW = 61,83) og oppløses begge i omtrent 900 ml deionisert vann. Deretter tilsettes 20 ml 0,5 M (molaritet, eller konsentrasjonen) EDTA (pH 8,0) og juster løsningen til et sluttvolum på 1 liter. Denne løsningen kan lagres ved romtemperatur, men det dannes et bunnfall i eldre løsninger. Oppbevar bufferen i glassflasker og kast hvis det har dannet seg et bunnfall.
Arbeidsløsning av TBE
For agarosegelelektroforese kan en TBE-buffer brukes i en konsentrasjon på 0,5x (1:10 fortynning av det konsentrerte lager). Fortynn stamløsningen med 10x i avionisert vann. Endelige soluttkonsentrasjoner er 45 mM Tris-borat og 1 mM (millimolar) EDTA. Bufferen er nå klar til bruk i kjører en agarosegel.