Evolusjonære klokker er genetiske sekvenser i gener som kan være med på å bestemme når tidligere arter avvike fra en felles stamfar. Det er visse mønstre av nukleotidsekvenser som er vanlige blant beslektede arter som ser ut til å endre seg med et regelmessig tidsintervall. Å vite når disse sekvensene endret seg i forhold til Geologisk tidsskala kan bidra til å bestemme alderen på artenes opprinnelse og når spesiasjonen skjedde.
Evolusjonære klokker ble oppdaget i 1962 av Linus Pauling og Emile Zuckerkandl. Mens du studerer aminosyresekvensen i hemoglobin av forskjellige arter. De la merke til at det så ut til å være en endring i hemoglobinsekvensen med jevne mellomrom i hele fossilprotokollen. Dette førte til påstanden om at den evolusjonære endringen av proteiner var konstant gjennom hele den geologiske tiden.
Ved å bruke denne kunnskapen kan forskere forutsi når to arter divergerte på livets fylogenetiske tre. Antall forskjeller i nukleotidsekvensen til hemoglobinproteinet betyr en viss tid som har gått siden de to artene delte seg fra den felles stamfaren. Å identifisere disse forskjellene og beregne tiden kan bidra til å plassere organismer på riktig sted på det fylogenetiske treet med hensyn til nært beslektede arter og felles stamfar.
Det er også grenser for hvor mye informasjon en evolusjonær klokke kan gi om enhver art. Det meste av tiden kan det ikke gi en eksakt alder eller tid da det ble delt av det fylogenetiske treet. Den kan bare tilnærme tiden i forhold til andre arter på det samme treet. Ofte settes den evolusjonære klokken i henhold til konkrete bevis fra fossilprotokollen. Radiometrisk datering av fossiler kan deretter sammenlignes med den evolusjonære klokken for å få en god estimering av divergensens alder.
Selv om disse faktorene er begrensende i de fleste tilfeller, er det måter å gjøre rede for dem statistisk når man beregner tider. Hvis disse faktorene kommer til å spille, er imidlertid den evolusjonære klokken ikke konstant som i andre tilfeller, men den kan varieres i sin tid.
Å studere den evolusjonære klokken kan gi forskere et bedre inntrykk av når og hvorfor spesiasjoner skjedde for noen deler av livets fylogenetiske tre. Disse avvikene kan være i stand til å gi ledetråder om når større hendelser i historien skjedde, for eksempel masseutryddelser.