Den blodige historien om Hutu og Tutsi-konflikten beiset det 20. århundre, fra slaktet i 1972 rundt 120 000 hutuerav Tutsi-hæren i Burundi til 1994 Folkemord i Rwanda der, på bare de 100 dagene der Hutu-militser målrettet tutsier, ble drept om lag 800 000 mennesker.
Men mange observatører ville bli overrasket over å vite at den langvarige konflikten mellom hutuer og tutsier har ingenting med språk eller religion å gjøre - de snakker de samme Bantutungene så vel som fransk og som regel praktisere kristendommen—Og mange genetikere har vært hardt presset for å finne markante etniske forskjeller mellom de to, selv om tutsiene generelt har blitt notert for å være høyere. Mange tror at tysk og Belgiske kolonisatorer prøvde å finne forskjeller mellom hutuene og tutsiene for bedre å kategorisere innfødte i folketellene sine.
Klassekrigføring
Generelt stammer Hutu-Tutsi-stridene fra klassekrigføring, hvor tutsierne oppfattes å ha større rikdom og sosial status (i tillegg til å favorisere storfeoppdrett i forhold til det som blir sett på som jordbruket av lavere klasse Hutuer). Disse klasseforskjellene startet på 1800-tallet, ble forverret av kolonisering og eksploderte på slutten av 1900-tallet.
Opprinnelse fra Rwanda og Burundi
Det antas at tutsiene opprinnelig kom fra Etiopia og ankom etter at hutuen kom fra Tsjad. Tutsierne hadde et monarki tilbake til 1300-tallet; Dette ble styrtet ved oppfordring fra belgiske kolonisatorer på begynnelsen av 1960-tallet, og Hutuene tok makten med makt i Rwanda. I Burundi mislyktes imidlertid et Hutu-opprør, og tutsierne kontrollerte landet.
Tutsi- og Hutu-folket hadde samspill lenge før europeisk kolonisering på 1800-tallet. I følge noen kilder bodde Hutu-folket opprinnelig i området, mens tutsiene migrerte fra Nilen-regionen. Da de ankom, kunne tutsiene etablere seg som ledere i området med liten konflikt. Mens tutsifolket ble "aristokrati", var det en god del inngift.
I 1925 koloniserte belgiere området og kalte det Ruanda-Urundi. I stedet for å opprette en regjering fra Brussel, plasserte imidlertid belgierne tutsiene i ansvar med støtte fra europeerne. Denne beslutningen førte til utnyttelse av Hutu-folket i hendene på tutsierne. Fra 1957 begynte hutuer å gjøre opprør mot deres behandling, skrive et manifest og iscenesette voldelige aksjoner mot tutsiene.
I 1962 forlot Belgia området og to nye nasjoner, Rwanda og Burundi, ble dannet. Mellom 1962 og 1994 skjedde det en rekke voldelige sammenstøt mellom hutuer og tutsier; alt dette ledet frem til folkemordet i 1994.
Folkemord
6. april 1994 ble Hutu-presidenten i Rwanda, Juvénal Habyarimana, myrdet da flyet hans ble skutt ned nær Kigali internasjonale lufthavn. Hutu-presidenten i Burundi, Cyprien Ntaryamira, ble også drept i angrepet. Dette utløste den chillende velorganiserte utryddelsen av tutsier av Hutu-militser, selv om skylden for flyangrepet aldri har blitt etablert. Seksuell vold mot tutsi-kvinner var også utbredt, og forente nasjoner bare innrømmet at "folkemordshandlinger" hadde skjedd to måneder etter drapet begynte.
Etter folkemordet og tutsiernes gjenvinne kontroll, flyktet omtrent 1,3 millioner hutuer til Burundi, Tanzania(fra der mer enn 10.000 senere ble utvist av myndighetene), Uganda og den østlige delen av landet Den demokratiske republikken Kongo, der det store fokuset i Tutsi-Hutu-konflikten er i dag.Tutsi-opprørere i DRC beskylder regjeringen for å gi dekning for Hutu-militsene.