TAE-buffer er en løsning som består av Tris-base, eddiksyre og EDTA (Tris-acetat-EDTA). Det er historisk sett den vanligste bufferen som brukes til agarosegel elektroforese i analysene av DNA-produkter som er et resultat av PCR forsterkning, DNA renseprotokoller eller DNA-kloning eksperimenter.
Denne bufferen har lav ionestyrke og lav bufferkapasitet. Det er best egnet til elektroforese av store (> 20 kilobaser) DNA-deler og må byttes ofte eller resirkuleres i lengre (> 4 timer) gelkjøringstid. Med det i tankene kan det være lurt å vurdere å lage flere partier av bufferen.
Med tanke på at bufferen er enkel å lage og trinnene kan utføres raskt, bør det ikke være særlig tidkrevende eller vanskelig å gjøre mer enn én gruppe om gangen. Ved å bruke instruksjonene nedenfor, bør det ta bare 30 minutter å lage TAE-buffer.
Hva du trenger for TAE-bufferen
Siden det å lage TAE-buffer bare krever et raskt og enkelt sett med instruksjoner, er antallet materialer som trengs for den ikke for høyt. Du trenger bare EDTA (etylendiaminetetraeddiksyre) dinatriumsalt, Tris-base og iseddik.
Å lage bufferen krever også en pH-måler og kalibreringsstandarder, etter behov. Du trenger også 600 ml og 1500 ml beger eller kolber samt graderte sylindre. Til slutt trenger du avionisert vann, rørejern og røreplatene.
I de følgende instruksjonene blir formelens vekt (atomens totale masse multiplisert med antall atomer, deretter blir hver enkelt masse lagt sammen) forkortet som FW.
Forbered en aksjeløsning av EDTA
En EDTA-løsning blir forberedt på forhånd. EDTA vil ikke gå helt inn i en løsning før pH er justert til omtrent 8,0. For et lager på 500 milliliter løsning av 0,5 M (molaritet eller konsentrasjon) EDTA, veie 93,05 gram EDTA dinatriumsalt (FW = 372,2). Løs det opp i 400 ml avionisert vann og juster pH med natriumhydroksyd (NaOH). Fyll opp løsningen til et sluttvolum på 500 ml.
Lag din lagerløsning
Lag en konsentrert (50x) stamoppløsning av TAE ved å veie ut 242 gram Tris-base (FW = 121,14) og løse den opp i omtrent 750 ml avionisert vann. Tilsett forsiktig 57,1 ml iseddik og 100 ml 0,5 M EDTA (pH 8,0).
Etter det, juster løsningen til et sluttvolum på 1 liter. Denne lagerløsningen kan lagres ved romtemperatur. PH i denne bufferen blir ikke justert og bør være omtrent 8,5.
Forbered en arbeidsløsning av TAE Buffer
Arbeidsløsningen av 1x TAE-buffer lages ved ganske enkelt å fortynne stamløsningen med 50x i avionisert vann. Endelige soluttkonsentrasjoner er 40 mM (millimolar) Tris-acetat og 1 mM EDTA. Bufferen er nå klar til bruk ved kjøring av en agarosegel.
Pakk inn
Kontroller varelageret før du begynner å forsikre deg om at du har alle de ovennevnte materialene til TAE-bufferen. Forsyningspersonalet ditt skal kunne fortelle deg om de har alle varene du trenger på lager. Du vil ikke ende opp med å savne noe midt i prosedyren.