Cilia og flagella har en kjerne som består av mikrotubuli som er koblet til plasmamembran og ordnet i det som er kjent som en 9 + 2 mønster. Mønsteret er så navngitt fordi det består av en ring av ni mikrotubule parvise sett (dubletter) som omkranser to entall mikrotubuli. Denne mikrotubule-pakken i en 9 + 2-ordning kalles en axoneme. Basen til cilia og flagella er koblet til cellen ved å modifisere centriole strukturer kalt basallegemer. Bevegelse produseres når de ni parvise mikrotubulesettene av aksonemet glir mot hverandre og får cilia og flagella til å bøye seg. Det motoriske proteinet dynein er ansvarlig for å generere kraften som kreves for bevegelse. Denne typen organisasjoner finnes i de fleste eukaryote cilia og flagella.
Den primære funksjonen til cilia og flagella er bevegelse. De er virkemidlene som gjør at mange mikroskopiske encellede og flercellede organismer beveger seg fra sted til sted. Mange av disse organismene finnes i vandige miljøer, der de blir drevet frem av juling eller en piskelignende handling av flagella.
protister og bakterieBruk for eksempel disse strukturene for å bevege deg mot en stimulus (mat, lys), vekk fra en stimulus (toksin), eller for å opprettholde deres posisjon på et generelt sted. I høyere organismer brukes cilia ofte for å drive stoffer i ønsket retning. Noen flimmerhår fungerer imidlertid ikke i bevegelse, men i sensing. Primær cilia, funnet i noen organer og fartøy, kan føle endringer i miljøforholdene. Celler som forer veggene på blodårer eksemplifiser denne funksjonen. Den primære cilia i endotelceller i blodkar overvåker kraften til blod strømme gjennom fartøyene.Både cilia og flagella finnes i mange typer celler. For eksempel sperm av mange dyr, alger, og til og med bregner har flagella. Prokaryote organismer kan også ha et enkelt flagellum eller mer. En bakterie, for eksempel, kan ha: en flagellum plassert i den ene enden av cellen (montrichous), en eller flere flagella lokalisert i begge ender av cellen (amfittrich), flere flageller i den ene enden av cellen (lophotrichous), eller flagella fordelt rundt hele cellen (Peritrichous). Cilia kan finnes i områder som luftveier og reproduksjonskanal for kvinner. I luftveiene hjelper cilia med å feie slim som inneholder støv, bakterier, pollen, og annet rusk bort fra lunger. I den kvinnelige reproduktive kanalen hjelper cilia med å feie sæd i retning livmoren.