Den tidligste kontakten mellom begge land var gjennom kjøpmenn og oppdagelsesreisende. Senere på midten av 1800-tallet reiste flere representanter fra USA til Japan for å forhandle om handelsavtaler, inkludert Commodore Matthew Perry i 1852 som forhandlet om første handelsavtale og Convention of Kanagawa. På samme måte kom en japansk delegasjon til USA i 1860 i håp om å styrke diplomatiske og handelsforbindelser mellom begge land.
Andre verdenskrig så landene pittet mot hverandre etter at japanerne bombet den amerikanske marinebasen i Pearl Harbor, Hawaii, i 1941. Krigen ble avsluttet i 1945 etter at Japan fikk enorme årsaker fra atombombing av Hiroshima og Nagasaki og brannbombing av Tokyo.
14. august 1945 overga Japan seg og førte til en okkupasjon av de seirende allierte styrkene. Ved å få kontroll over Japan, amerikanske president Harry Truman utnevnt til general Douglas MacArthur som øverste sjef for de allierte maktene i Japan. De allierte styrkene arbeidet med gjenoppbyggingen av Japan, i tillegg til å befeste politisk legitimitet ved offentlig å stå på siden av keiser Hirohito. Dette tillot
MacArthur å jobbe innenfor det politiske systemet. I slutten av 1945 var omtrent 350 000 amerikanske tjenestemenn i Japan og arbeidet med en lang rekke prosjekter.Under alliert kontroll gjennomførte Japan en bemerkelsesverdig transformasjon preget av ny konstitusjon av Japan som la vekt på demokratiske prinsipper, utdannings- og økonomisk reform og demilitarisering som var innebygd i den nye japanske grunnloven. Da reformene fant sted, flyttet MacArthur gradvis den politiske kontrollen over til japanerne som kulminerte i 1952-San Francisco-traktaten som offisielt avsluttet okkupasjonen. Denne rammen var begynnelsen på et nært forhold mellom begge land som varer til i dag.
Perioden etter San Francisco-traktaten har vært preget av et nært samarbeid mellom begge land, med 47 000 amerikanske militærtjenestemenn igjen i Japan etter invitasjon fra japanerne Myndighetene. Økonomisk samarbeid har også spilt en stor rolle i forholdet til USA som ga Japan betydelige støttebeløp i etterkrigstidene da Japan ble en alliert i den Kald krig. Partnerskapet har resultert i gjenoppblomstring av den japanske økonomien som fortsatt er en av de sterkeste økonomiene i regionen.