En av de mest presserende utfordringene afrikanske stater møtte på uavhengighet var deres mangel på infrastruktur. Europeiske imperialister stolte på å bringe sivilisasjonen og utvikle Afrika, men de etterlot sine tidligere kolonier lite i veien for infrastruktur. Imperiene hadde bygget veier og jernbaner - eller rettere sagt, de hadde tvunget sine koloniale subjekter til å bygge dem - men disse var ikke ment å bygge nasjonale infrastrukturer. Keiserlige veier og jernbaner var nesten alltid ment å lette eksporten av råvarer. Mange, som den ugandiske jernbanen, løp rett til kystlinjen.
Disse nye landene manglet også produksjonsinfrastrukturen for å tilføre råvarene verdi. Rik ettersom mange afrikanske land hadde kontante avlinger og mineraler, kunne de ikke bearbeide disse varene selv. Deres økonomier var avhengige av handel, og dette gjorde dem sårbare. De var også innelåst i sykluser avhengig av sine tidligere europeiske mestere. De hadde fått politiske, ikke økonomiske avhengigheter, og som Kwame Nkrumah - den første statsministeren minister og president i Ghana - visste, politisk uavhengighet uten økonomisk uavhengighet var meningsløs.
Energiavhengighet
Mangelen på infrastruktur medførte også at afrikanske land var avhengige av vestlige økonomier for mye av sin energi. Til og med oljerike land hadde ikke raffineriene som trengs for å gjøre råoljen sin til bensin eller fyringsolje. Noen ledere, som Kwame Nkrumah, prøvde å utbedre dette ved å påta seg massive byggeprosjekter, som vannkraftsdammeprosjektet Volta River. Dammen sørget for mye tiltrengt strøm, men konstruksjonen satte Ghana tungt i gjeld. Konstruksjonen krevde også flytting av titusenvis av ghanesere og bidro til Nkrumahs fallende støtte i Ghana. I 1966 var Nkrumah styrtet.
Uerfaren lederskap
På uavhengighet var det flere presidenter, som Jomo Kenyatta, hadde flere tiår med politisk erfaring, men andre, som Tanzanias Julius Nyerere, hadde gått inn i den politiske striden bare årene før uavhengighet. Det var også en tydelig mangel på trent og erfaren sivil ledelse. De nedre tilbakestillingene til den koloniale regjeringen hadde lenge vært bemannet av afrikanske subjekter, men de høyere gradene hadde vært forbeholdt hvite embetsmenn. Overgangen til nasjonale offiserer ved uavhengighet betydde at det var individer på alle nivåer av byråkratiet med lite tidligere opplæring. I noen tilfeller førte dette til innovasjon, men de mange utfordringene som afrikanske stater sto overfor uavhengighet ble ofte forsterket av mangelen på erfaren ledelse.
Mangel på nasjonal identitet
Grensene som Afrikas nye land satt igjen med, var de som ble trukket i Europa i løpet av Scramble for Africa uten hensyn til det etniske eller sosiale landskapet på bakken. Fagene i disse koloniene hadde ofte mange identiteter som trodde deres følelse av å være, for eksempel ghanesisk eller kongolesisk. Kolonipolitikk som privilegerte en gruppe over en annen eller tildelte land og politiske rettigheter av "stamme" forverret disse splittelsene. Det mest kjente tilfellet av dette var den belgiske politikken som krystalliserte skillene mellom Hutuer og Tutsier i Rwanda som førte til det tragiske folkemordet i 1994.
Rett etter avkolonisering gikk de nye afrikanske statene med på en politikk med ukrenkelige grenser, noe som betyr at de ikke ville prøve å tegne om Afrikas politiske kart, da det ville føre til kaos. Lederne for disse landene fikk dermed utfordringen med å prøve å skape en følelse av nasjonal identitet i en tid da de som søkte eierandel i det nye landet ofte spilte mot enkeltmenneskers regionale eller etniske lojalitet.
Kald krig
Til slutt falt dekoloniseringen sammen med den kalde krigen, som ga en annen utfordring for afrikanske stater. Push and pull mellom USA og Union of Soviet Socialist Republics (USSR) gjorde at ikke-tilpasning a et vanskelig, om ikke umulig alternativ, og de lederne som prøvde å snekre tredje vei, fant generelt at de måtte ta sider.
Politikk i den kalde krigen presenterte også en mulighet for fraksjoner som forsøkte å utfordre de nye regjeringene. I Angola førte den internasjonale støtten som regjeringen og opprørsfraksjonene fikk i den kalde krigen til en borgerkrig som varte i nesten tretti år.
Disse kombinerte utfordringene gjorde det vanskelig å etablere sterke økonomier eller politisk stabilitet i Afrika og bidro til omveltningen som mange (men ikke alle!) Stater møtte mellom slutten av 60-tallet og sent på 90-tallet.