Glykosidbindinger er merket i henhold til identiteten til atomet på det andre karbohydratet eller den funksjonelle gruppen. Bindingen dannet mellom hemiacetal eller hemiketal på det første karbohydratet og hydroksylgruppen på det andre molekylet er en O-glykosidbinding. Det er også N-, S- og C-glykosidbindinger. Kovalente bindinger mellom hemiacetal eller hemiketal til -SR danner tioglykosider. Hvis bindingen er til SeR, dannes selenoglykosider. Bindinger til -NR1R2 er N-glykosider. Bindinger til -CR1R2R3 betegnes C-glykosider.
Begrepet aglycone refererer til hvilken som helst forbindelse ROH hvorfra en karbohydratrest er fjernet, mens karbohydratresten kan bli referert til som glycone. Disse begrepene blir ofte brukt på naturlig forekommende glykosider.
Orienteringen av bindingen kan også bemerkes. α- og β-glykosidbindinger er basert på thesereocenter lengst fra sakkarid C1. En a-glykosidbinding oppstår når begge karbonatomer har den samme stereokjemien. Β-glykosidbinding dannes når de to karbonatomer har forskjellig stereokjemi.