Siden Charles Darwin kom først opp med Evolusjonsteorien og hans ide om naturlig utvalg, utvikling har vært en kontroversielt emne for mange folk. Mens tilhengere av teorien peker på det tilsynelatende uendelige fjellet bevis for evolusjonkritikere benekter fortsatt at evolusjon virkelig er et faktum. Et av de vanligste argumentene mot evolusjon er at det er mange hull eller "manglende lenker" i fossil rekord.
Disse manglende koblingene ville være det forskere anser som overgangsfossiler. Overgangsfossiler er rester av en organisme som kom mellom en kjent versjon av en art og den nåværende arten. Angivelig ville overgangsfossiler være bevis for evolusjon fordi det ville vise mellomformer av en art, og de endret og akkumulerte tilpasninger i sakte tempo.
Siden fossilprotokollen er ufullstendig, er det dessverre mange manglende overgangsfossiler som kan dempe evolusjonskritikere. Uten denne bevisføringen hevder motstandere av teorien at disse overgangsformene ikke må ha eksistert, og at det betyr at evolusjonen ikke er korrekt. Det er imidlertid andre måter å forklare fraværet av noen av overgangsfossiler.
En forklaring er hvordan fossiler blir laget. Det er veldig sjelden at en død organisme blir fossil. For det første må organismen dø i riktig område. Dette området må ha en slags vann med sedimenter som gjørme eller leire, eller organismen må bevares i tjære, rav eller is. Selv om det er på rett sted, er det ikke garantert at det blir fossilisert. Intens varme og trykk over veldig lange perioder er nødvendig for å omslutte organismen i en sedimentær bergart som til slutt vil bli fossil. Dessuten er det bare harde deler av kroppen som bein og tenner som bidrar til å overleve denne prosessen for å bli et fossil.
Selv om det tilfeldigvis ble laget et fossil av en overgangsorganisme, kan det hende at fossil ikke overlever geologiske forandringer på jorden over tid. Bergarter blir stadig brutt, smeltet og endret til forskjellige typer bergarter i bergsyklusen. Dette inkluderer sedimentære bergarter som kan ha hatt fossiler i seg på en gang.
Dessuten er lag med stein lagt over toppen av hverandre. Law of Superposition hevder at de eldre fjellagene er på bunnen av haugen, mens de nyere eller yngre lag med sedimentær bergart som er lagt ned av ytre krefter som vind og regn, er nærmere topp. Tatt i betraktning at noen av overgangsfossiler som ennå ikke er funnet, er millioner av år gamle, kan det være at de ennå ikke er funnet. Overgangsfossiler kan være der fremdeles, men forskere har bare ikke gravd dypt nok til å komme til dem. Disse overgangsfossilene kan også finnes i et område som ennå ikke er utforsket og gravd ut. Det er fortsatt en mulighet for at noen ennå vil oppdage disse "manglende lenker" etter hvert som mer av jorden blir utforsket av paleontologer og arkeologer i feltet.
En annen mulig forklaring på mangel på overgangsfossiler ville være en av hypotesene om hvor rask evolusjon skjer. Mens Darwin hevdet disse tilpasningene og mutasjoner skjedde og bygde seg sakte opp i en prosess som ble kalt gradualisme, andre forskere tror på ideen store endringer som skjedde plutselig, eller punkterte likevekt. Hvis det er riktig evolusjonsmønster er punktert likevekt, ville det ikke være noen overgangsorganismer som forlater overgangsfossiler. Derfor ville den sagnomsuste "manglende lenken" ikke eksistere, og dette argumentet mot evolusjon ville ikke lenger være gyldig.