Sanden i Sahara-ørkenen kunne ha vært et stort hinder for handel mellom Afrika, Europa og Østen, men det var mer som et sandhav med handelshavner på hver side. I sør var byer som Timbuktu og Gao; i nord byer som Ghadames (i dagens Libya). Derfra reiste varer til Europa, Arabia, India og Kina.
Muslimske handelsmenn fra Nord-Afrika sendte varer over Sahara ved bruk av store kamel campingvogner - i gjennomsnitt omtrent 1000 kameler, selv om det er en plate som nevner campingvogner som reiste mellom Egypt og Sudan som hadde 12 000 kameler. Berberne i Nord-Afrika domestiserte først kameler rundt år 300 e.Kr.
Kamelen var det viktigste elementet i campingvognen fordi de kan overleve i lange perioder uten vann. De tåler også ørkenens intense varme på dagtid og kaldt om natten. Kameler har en dobbel rekke øyevipper som beskytter øynene mot sand og sol. De kan også lukke neseborene for å holde sanden ute. Uten et dyr som er veldig tilpasset for å reise, ville handel over Sahara vært nesten umulig.
De hentet hovedsakelig luksusvarer som tekstiler, silker, perler, keramikk, prydvåpen og redskaper. Disse ble handlet for gull, elfenben, tresorter som ibenholt og landbruksprodukter som kolanøtter (et sentralstimulerende middel fordi de inneholder koffein). De hadde også med seg sin religion, islam, som spredte seg langs handelsrutene.
Nomader som bodde i Sahara handlet salt, kjøtt og deres kunnskap som guider for klut, gull, frokostblandinger og slaver.
Fram til Amerika ble Mali den viktigste produsenten av gull. Afrikansk elfenben var også etterspurt fordi den er mykere enn den fra indiske elefanter og derfor enklere å skjære. Slaver ble ønsket av domstolene til arabiske og berberiske fyrster som tjenere, konkubiner, soldater og jordbruksarbeidere.
Sonni Ali, herskeren av Songhai Empire, som lå østover langs kurven av elven Niger, erobret Mali i 1462. Han begynte å utvikle både sin egen hovedstad: Gao og hovedsentrene i Mali, Timbuktu og Jenne ble store byer som kontrollerte mye handel i regionen. Havnebyer utviklet seg langs kysten av Nord-Afrika inkludert Marrakesh, Tunis og Kairo. Et annet betydelig handelssenter var byen Adulis ved Rødehavet.