Joseph Eggleston Johnston ble født 3. februar 1807, nær Farmville, VA. Sønnen til dommer Peter Johnston og hans kone Mary, ble han oppkalt etter major Joseph Eggleston, farens befalsmann under Amerikansk revolusjon. Johnston var også i slekt med guvernør Patrick Henry gjennom sin mors familie. I 1811 flyttet han med familien til Abingdon nær Tennessee-grensen i det sørvestlige Virginia.
Johnston ble utdannet lokalt og ble akseptert til West Point i 1825 etter å ha blitt nominert av krigsminister John C. Calhoun. Et medlem av samme klasse som Robert E. Lee, var han en god student og uteksaminert i 1829 rangert 13 av 46. I oppdrag som andre løytnant mottok Johnston et oppdrag til det fjerde amerikanske artilleriet. I mars 1837 forlot han hæren for å begynne å studere sivilingeniør.
Antebellum karriere
Senere samme år ble Johnston med på en oppmålingsekspedisjon til Florida som sivil topografisk ingeniør. Under ledelse av løytnant William Pope McArthur ankom gruppen under Andre Seminolskrig
. 18. januar 1838 ble de angrepet av Seminoles mens de var i land i Jupiter, FL. I kampene ble Johnston beitet i hodebunnen og McArthur såret i beina. Han hevdet senere at det var "ikke mindre enn 30 kulehull" i klærne hans. Etter hendelsen bestemte Johnston seg for å gå sammen med den amerikanske hæren og reiste til Washington, DC samme april. Utnevnt til en første løytnant av topografiske ingeniører 7. juli, ble han umiddelbart kortettert til kaptein for sine handlinger på Jupiter.I 1841 flyttet Johnston sørover for å delta i kartleggingen av grensen mellom Texas og Mexico. Fire år senere giftet han seg med Lydia Mulligan Sims McLane, datter av Louis McLane, president for Baltimore og Ohio Railroad og fremtredende tidligere politiker. Selv om paret giftet seg til hennes død i 1887, fikk paret aldri barn. Et år etter Johnstons bryllup ble han kalt til aksjon med utbruddet av Meksikansk-amerikansk krig. Servering med Generalmajor Winfield Scott's hær i 1847, deltok Johnston i kampanjen mot Mexico City. Opprinnelig en del av Scotts stab, tjente han senere som nestkommanderende for et regiment av lett infanteri. Mens han var i denne rollen, tjente han ros for sin opptreden under Battles of Contreras og Churubusco. Under kampanjen ble Johnston to ganger kortfattet for tapperhet, og nådde løytnant oberst, samt ble hardt såret av drueskudd på Slaget ved Cerro Gordo og ble truffet igjen kl Chapultepec.
Mellomkrigsår
Tilbake til Texas etter konflikten tjente Johnston som sjef topografisk ingeniør ved Department of Texas fra 1848 til 1853. I løpet av denne tiden begynte han å skrive krigssekretær Jefferson Davis en serie brev som ba om overføring tilbake til et aktivt regiment og kranglet om sine brevet rekker fra krig. Disse forespørslene ble i stor grad avvist, selv om Davis hadde Johnston utnevnt til oberstløytnant av den nyopprettede 1. amerikanske kavaleri i Fort Leavenworth, KS i 1855. Servering under Oberst Edwin V. Sumner, deltok han i kampanjer mot Sioux og hjalp til med å avbryte krisen i blødende Kansas. Bestilt til Jefferson Barracks, MO i 1856, deltok Johnston i ekspedisjoner for å kartlegge grensene til Kansas.
Borgerkrigen
Etter å ha tjenestegjort i California ble Johnston forfremmet til brigadegeneral og gjort til kvartmestergeneral for den amerikanske hæren 28. juni 1860. Med begynnelsen av Borgerkrig i april 1861 og løsrivelse fra hans hjemland Virginia, trakk Johnston seg ut av den amerikanske hæren. Johnston ble den høyest rangerte offiseren som forlot den amerikanske hæren for konføderasjonen, og ble først utnevnt til major general i Virginia-militsen før han godtok en kommisjon som brigadegeneral i den konfødererte hæren på mai 14. Sendt til Harpers ferge, tok han kommandoen over tropper som hadde samlet seg under kommando av Oberst Thomas Jackson.
Døpt Shenandoah-hæren, stormet Johnstons kommando østover i juli for å hjelpe Brigadegeneral P.G.T. Beauregard's Army of the Potomac under Første slaget om Bull Run. Da Johnston kom til feltet, hjalp mennene til å snu tidevannet av kampene og sikret en konføderert seier. I ukene etter slaget hjalp han utformingen av det berømte konfødererte slagflagget før han mottok en opprykk til general i august. Selv om forfremmelsen ble tilbakedatert til 4. juli, ble Johnston sint på at han var junior i forhold til Samuel Cooper, Albert Sidney Johnston, og Lee.
Halvøya
Som den høyest rangerte offiseren for å forlate den amerikanske hæren, mente Johnston bestemt at han burde ha vært senioroffiser i den konfødererte hæren. Argumenter med den nåværende konfødererte presidenten Jefferson Davis om dette punktet ytterligere forsinket forholdet deres, og de to mennene ble faktisk fiender for resten av konflikten. Johnston ble satt under kommando for Army of the Potomac (senere Army of Northern Virginia), og flyttet sørover våren 1862 for å håndtere Generalmajor George McClellan's Peninsula Campaign. Opprinnelig blokkerte unionsstyrker kl Yorktown og kjemper i Williamsburg, begynte Johnston en sakte tilbaketrekning vestover.
Nær Richmond ble han tvunget til å stille standpunkt og angrep unionens hær kl Seven Pines 31. mai. Selv om han stoppet McClellans framskritt, ble Johnston såret i skulderen og brystet. Tatt bakover for å komme seg, ble kommisjonen over hæren gitt til Lee. Johnston, som ble kritisert for å ha gitt grunn før Richmond, var en av få som umiddelbart hadde erkjent det Confederacy manglet materiell og arbeidskraft i Unionen, og han arbeidet for å beskytte disse begrensede eiendelene. Som et resultat overga han ofte bakken mens han forsøkte å beskytte hæren sin og finne fordelaktige posisjoner å kjempe fra.
I Vesten
Johnston ble frisk fra sårene hans, og han fikk kommandoen over Department of the West. Fra denne stillingen hadde han tilsyn med handlingene til General Braxton Bragg's Army of Tennessee og Generalløytnant John Pembertonkommandoen i Vicksburg. Med Generalmajor Ulysses S. Stipend Da Johnston hadde kampanje mot Vicksburg, ønsket han at Pemberton skulle forene seg med ham slik at deres samlede styrke kunne beseire unionshæren. Dette ble blokkert av Davis som ønsket at Pemberton skulle holde seg innenfor Vicksburg-forsvaret. Mangler mennene for å utfordre Grant, ble Johnston tvunget til å evakuere Jackson, MS, slik at byen ble tatt og brent.
Med tilskudd beleirer Vicksburg, Kom Johnston tilbake til Jackson og jobbet for å bygge en hjelpestyrke. Han dro til Vicksburg i begynnelsen av juli og fikk vite at byen hadde kapitulert den fjerde juli. Han falt tilbake til Jackson og ble kjørt fra byen senere den måneden av Generalmajor William T. Sherman. Det høsten, etter hans nederlag på Slaget ved Chattanooga, Bragg ba om å bli lettet. Motvillig utnevnte Davis Johnston til å kommandere Army of Tennessee i desember. Antatt kommando kom Johnston under press fra Davis for å angripe Chattanooga, men klarte ikke det på grunn av mangel på forsyninger.
Atlanta-kampanjen
Forventet at Shermans Union-styrker i Chattanooga skulle bevege seg mot Atlanta om våren, bygde Johnston en sterk forsvarsposisjon i Dalton, GA. Da Sherman begynte å avansere i mai, unngikk han direkte overgrep mot de konfødererte forsvaret og begynte i stedet en serie med svingmanøvre som tvang Johnston til å forlate stilling etter stilling. Da Johnston ga opp tid for tid, kjempet en serie små kamper på steder som Resaca og New Hope Church. 27. juni lyktes han med å stanse et stort unionsangrep kl Kennesaw Mountain, men igjen så Sherman bevege seg rundt flanken sin. Rettet av en opplevd mangel på aggresjon erstattet Davis kontroversielt Johnston den 17. juli med General John Bell Hood. Hyper-aggressiv, Hood angrep flere ganger Sherman, men mistet Atlanta den september.
Endelige kampanjer
Da konfødererte formuer ble flagget tidlig i 1865, ble Davis presset til å gi den populære Johnston en ny kommando. Utnevnt til å lede Department of South Carolina, Georgia og Florida, og også Department of North Carolina og Sør-Virginia, han hadde få tropper som kunne hindre Shermans fremrykk nordfra Savannah. I slutten av mars overrasket Johnston en del av Shermans hær i slaget ved Bentonville, men ble til slutt tvunget til å trekke seg. Læring av Lees overgivelse på Appomattox 9. april begynte Johnston kapitulasjonssamtaler med Sherman på Bennett Place, NC. Etter omfattende forhandlinger overga Johnston de nesten 90 000 troppene i avdelingene sine 26. april. Etter overgivelsen ga Sherman de sultne mennene til Johnston ti dager, en gest som Confederate-sjefen aldri glemte.
Senere år
Etter krigen bosatte Johnston seg i Savannah, GA og forfulgte en rekke forretningsinteresser. Da han kom tilbake til Virginia i 1877, tjenestegjorde han en periode i kongressen (1879-1881) og var senere kommissær for jernbaner i Cleveland-administrasjonen. Kritisk til sine medsammensittede generaler tjente han som pallbærer ved Shermans begravelse 19. februar 1891. Til tross for kaldt og regnfull vær, nektet han å bruke hatt som et tegn på respekt for sin falne motstander og fikk lungebetennelse. Etter flere uker med sykdomsbekjempelse døde han 21. mars. Johnston ble gravlagt på Green Mount Cemetery i Baltimore, MD.